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Majunga a pour origine la langue Antalaotra-arabe qui signifie la cité des fleurs : Mji Angaia (Mji : Cité, Angaia : Fleur). Majunga s'est developpée à partir de 1740 lorsque les notables du royaume Sakalava Antalaotra résidants dans la Baie de Boina transfèrèrent leur capital de l'île d'Antsoribory à Marovoay.
Les armoiries de la villes de Majunga sont constituées du baobab et de trois boutres.
Le baobab
Le baobab emblême de Majunga est celèbre par sa circonférence exeptionnelle de 21.70m à 1m du sol, sa hauteur ne dépasse guère 10m. "Baobab" est un mot sénégalais d'origine arabe qui désigne un arbre à tronc démesuré.
Madagascar possède sept espèces de Baobab, une seule est commune à l'afrique celui de Majunga. Celui çi a plus de 800 ans. Son tronc servit de poteau d'execution pour les condamné à mort.